2026年のエストニアでの会社設立は、多くの古いガイドに書かれている内容とは異なります。主な理由は、発表されていた複数の増税が実際には施行されなかったことです。法人利益への2%課税は撤回され、所得税率は24%に引き上げられず22%に据え置かれました。また、会社内に留保した利益は、現在も法人段階では課税されません。本記事では、重要な変更をすべて平易な言葉で説明し、それぞれ誰に影響するかも示します。
主な変更は2025年半ばから2026年半ばにかけて行われました。以下の各項目では、何が変わったのか、いつ発効したのか、そして新たに設立するエストニア法人にとって実務上何を意味するのかを説明します。
変更点の概要
- 予定されていた年2%の利益税は撤回され、存在しません。
- 所得税率を24%に引き上げる計画も中止されました。
- 会社内に留保した利益は、現在も法人段階では課税されません。
- VATは24%に引き上げられ、そのまま維持されています。
- 小規模な越境販売者は、EU全域を対象とする新しいVAT免税制度を選べます。
- 実質的支配者のデータは、誰でも閲覧できるものではなくなりました。
- 一般的な登記変更では既製のテンプレートが使われ、処理も迅速化しました。
- 買い手は、機械可読形式の電子請求書を求められます。
- 少額輸入小包には、新たに€3の関税がかかります。
- e-Residencyの手数料は2027年1月1日に引き上げられます。
このガイドの対象者
エストニア法人を登記すべきか検討している創業者と、制度が知らないうちに変わっていないか確認したい既存の所有者が対象です。非居住者、e-Resident、そして税務用語を使わない説明を求める小規模事業者に適しています。
エストニアの2%利益税と24%所得税はともに撤回
最大のニュースは、結局実施されなかった税です。廃止には別々の2つの決定が必要だったため、2つの税率が混同されがちです。
まず2025年6月19日、Riigikoguは安全保障税パッケージを廃止し、それに伴い2026年1月から導入予定だった法人利益への年2%課税も撤回しました。しかし同じ改革で、法人・個人の所得税率を22%から24%へ恒久的に引き上げる方針が採用されました。その後、2025年12月にRiigikoguはこの引き上げも中止しました。両方の増税は撤回され、税率は22%に据え置かれています。
したがって、制度は従来どおり機能します。エストニア法人は利益を分配した時点で、支払われた純額の22/78に相当する法人所得税を納めます。内部留保利益、つまり事業内に残し、正当な事業目的に使用する資金は、その段階では課税されません。
影響を受ける人：すべての人です。利益に対する2%の税金や所得税率24%をうたう記事を読んだ場合、それらは古くなっています。税率が実務上どのように適用されるかは、エストニア法人の税金に関するガイドで解説しています。
出典：Riigikogu。
エストニアの標準VAT税率は現在24%
標準VAT税率は2025年7月1日に22%から24%へ引き上げられ、現在もその税率が維持されています。宿泊サービスは13%、一部の出版物は9%です。
これは見落としやすい点です。多くのテンプレート、価格表、請求書作成ツールには、今も旧税率の22%が残っています。
影響を受ける人：エストニアの顧客に販売するすべての会社、および2025年半ばより前に請求設定を行い、その後確認していない人です。
出典：エストニア税関税務局。
小規模な越境販売者向けEU中小企業VAT制度
EU域内で設立された小規模事業者は、越境中小企業VAT制度を利用できるようになりました。簡単に言えば、要件を満たす会社は、各国で個別にVAT登録を行うことなく、参加する他のEU加盟国で小規模事業者向けVAT免税を適用できます。
重要な要件は2つです。EU全域での総売上高が原則として€100,000未満であること、そして各国での売上高が、その国独自の国内基準額を下回ることです。
利用するには、あらかじめ1つの手続きが必要です。居住国の税務当局に通知してEX接尾辞付きのVAT識別番号を取得すれば、その後は各国で申告する代わりに、全加盟国での販売を対象とする四半期ごとの単一報告書を提出できます。
ただし、代償もあります。この免税制度を利用する会社は通常、免税売上に関する仕入VATを控除できません。そのため、必ずしも有利とは限らず、通常のVAT登録と比較する必要があります。
影響を受ける人：複数のEU加盟国に顧客がいる小規模販売者です。
実質的支配者のデータは非公開に
2026年7月10日以降、実質的所有者、すなわち会社の背後にいる実在の人物に関する情報は、一般に公開されなくなりました。現在、アクセスは利用者の立場と情報を必要とする理由によって決まります。
実務上、利用者はエストニアのIDカード、Smart-ID、Mobile-ID、または他のEU電子IDといったe-IDでログインします。アクセスは、管轄当局、AML義務対象事業者、契約上の相手方、正当な利益を示せるその他の者というカテゴリに応じて許可されます。
これはプライバシー保護の改善であり、義務の軽減ではありません。会社は引き続き実質的支配者を特定し、所有権または支配関係が変わるたびに登記情報を更新しなければなりません。この変更はEUの資金洗浄防止法と、無制限の一般公開には正当性がないと判断した欧州司法裁判所の判例に沿うものです。
影響を受ける人：自分の情報を誰でも検索できることに不満を持っていた所有者と、取引相手の確認に登記簿を利用していた人です。
通常の登記変更が迅速化
2026年中、e-Business Registerは日常的な会社手続き向けに自動決議テンプレートを導入しました。取締役の選任・解任、任期の延長、定款の変更などが対象です。自ら決議書を作成してアップロードする代わりに、必要事項を入力すれば、システムが法的に適切な文書を生成します。
登記機関が2026年6月に公表した最初の結果は顕著でした。テンプレートを使用した申請は、初回で登記審査を通過する割合が大幅に高まり、処理時間の中央値も1日未満になりました。書類作成自体に要する時間も、約25分から10分に短縮されています。
この機能は引き続きベータ版であり、複雑な取引では適切に作成された書類または公証済みの書類が必要です。
影響を受ける人：取締役会または定款に関する簡単な変更を行うすべての人です。
顧客は正式な電子請求書を要求可能に
エストニアでは、民間部門のすべての請求書に電子請求を義務付けているわけではありません。しかし2025年7月1日以降、Business Registerに電子請求書の受領者として登録されている買い手は、売り手に構造化電子請求書の送付を求められます。
メールに添付されたPDFは該当しません。構造化電子請求書には機械可読データが含まれ、買い手の会計システムへ直接取り込まれます。当事者間で別段の合意がない限り、欧州規格EN 16931が標準で適用されます。
同じ改正により、別の面では規制が緩和されました。公的機関には2019年以降、電子請求書のみを受領する義務がありましたが、この一律の義務は買い手選択の原則に置き換えられました。そのため現在は、公的部門と民間部門の買い手に同じ規則が適用されます。
影響を受ける人：エストニアの公的機関、大企業、または会計を自動化している相手に販売する会社です。利用している請求ソフトまたは会計担当者が、要件に適合する電子請求書を発行・受領できるか確認してください。
EUの少額小包に対する€3の関税
EUは2026年7月1日から、域外からEUの消費者へ送られる€150以下の小包に対する免税措置を廃止しました。代わりに、品目区分ごとに一律€3の関税が導入されます。小包や個数ではなく、関税分類番号に基づいて数えます。
この違いは重要です。同一のTシャツ5枚が入った箱は、関税分類番号が同じため€3です。Tシャツ1枚と腕時計1個が入った箱は、異なる2品目なので€6になります。この関税は輸入VATの代わりではなく、それに上乗せされます。また、配達時に顧客から徴収するのではなく、売り手、輸入者、またはその代理人である事業者に課されます。
この措置は一時的なものです。2028年7月1日まで適用され、その後はこれらの商品に通常の関税が適用されます。1個あたり約€2の別途取扱手数料については、引き続き協議中です。
影響を受ける人：ドロップシッピング、マーケットプレイス販売、EU域外から商品を輸入する人です。この費用を売り手と顧客のどちらが負担するか、契約書に明記する必要があります。
出典：エストニア税関税務局。
e-Residency手数料は来年値上げ
e-Residencyの申請手数料は、2027年1月1日に€150から€165へ引き上げられる予定です。同日以降は一律料金となり、カードをエストニア国内と大使館のどちらで受け取る場合も同額で、更新と再発行にも同じ料金が適用されます。いずれ申請する予定なら、年末までに手続きする方が少し安くなります。
その他の設立費用に変更はありません。現状については、エストニアで会社を登録する費用に関するガイドでご確認ください。
変わらない点：内部留保利益と分配利益への課税
制度の中核は変わっていません。留保利益は会社レベルでは課税されず、利益が分配された時点で課税されます。エストニアで法人を設立しても、自動的にエストニアで課税されるわけではありません。事業が実際には別の国から運営されている場合、タリンの登記内容にかかわらず、その国でも課税される可能性があります。この点は、海外からエストニア法人を運営するためのガイドで詳しく解説しています。
同様に、次の3つの義務にも変更はありません。適切な会計を維持すること、会計年度終了後6か月以内に年次報告書を提出すること、登記情報を最新の状態に保つことです。執行はより厳格になっており、督促を無視する会社には罰金が科されたり、登記抹消されたりする可能性があります。
結論：エストニアには今も会社設立の価値があるか
総合的に見れば、この年は創業者に有利な年でした。懸念されていた増税は実現せず、創業者がこの地を選ぶ理由である税制モデルも維持され、事務手続きもやや容易になりました。上昇したコスト、すなわちVATと小口貨物の関税は、すべての人ではなく特定のビジネスモデルに影響します。
エストニアでの会社設立は、EU法人を必要とし、利益を再投資する予定のデジタル事業に依然として適しています。完全に他国から運営される形式だけの組織には、引き続き適していません。エストニアが適しているかどうかは、事業が実際にどこで運営されているかによって決まり、当社のエストニアでの会社設立サービスはその問いから始まります。
よくある質問
いいえ。その根拠となる安全保障税は施行前に廃止されたため、法人利益に対する年2%の課税はありません。
22%です。予定されていた24%への引き上げは中止されました。よく記憶されている24%という数字は、別の税である標準VAT税率です。
はい。法人所得税は利益を得た時点ではなく、分配した時点で発生します。正当な事業目的に使われる内部留保利益は、その段階では課税されません。
株主と取締役は引き続き商業登記簿で確認できます。実質的支配者のデータは2026年7月10日から閲覧が制限され、アクセスには法的根拠または正当な利益が必要です。
求められた場合に限ります。Business Registerに電子請求書の受領者として登録されている買い手は、構造化電子請求書を要求できます。メールで送るPDFでは、この要求を満たしません。
小包単位でも個数単位でもなく、関税分類番号に基づく品目区分ごとです。1箱に同一のシャツが5枚なら€3、シャツと腕時計なら€6です。輸入VATに上乗せされ、2028年7月1日まで適用されます。
手数料は2027年1月1日に€150から€165へ上がるため、早めに申請する方がわずかに安くなります。ただし差額は小さく、申請の判断自体を急ぐ理由にはなりません。
