Modern building with estonian flag and red scooter parked outside

Foto: Margo Evardson na Unsplash

e-Residency a estonské číslo plátce DPH: Proč jsou žádosti zamítány a co dělat

EU VAT ID již není pro společnosti e-residentů formalitou. Co kontroluje Daňový a celní úřad, jak si vedou tři typické podniky e-residentů, co znamená zrušené číslo plátce DPH a kde je DPH splatná.

Stručná odpověď

Estonská společnost nezískává číslo plátce DPH automaticky. Daňový a celní úřad (EMTA) schválí dobrovolnou registraci k DPH pouze tehdy, má-li podnik hospodářskou vazbu na Estonsko — zákazníky či dodavatele zde, zaměstnance či prostory zde nebo je-li řízení skutečně vykonáváno z Estonska. Společnosti e-residenta řízené ze zahraničí pouze se zahraničními klienty jsou zpravidla zamítány a dříve vydaná čísla plátce DPH jsou přezkoumávána a rušena. Zamítnutí neruší povinnost k DPH; obvykle ji přesune do země, kde zakladatel podnik skutečně řídí.

Po léta byl postup jednoduchý: založit OÜ prostřednictvím e-Residency, přiložit jednostránkový podnikatelský plán, získat EU VAT ID — estonské číslo KMKR, EE a devět číslic — během týdne. Tento postup se změnil. Tento průvodce popisuje tři situace, v nichž se nyní e-residenti ocitají — podání žádosti, již provedená registrace, zamítnutí — a uvádí, co daňový orgán v každé z nich očekává.

Co se změnilo u registrace e-residentů k DPH — a co ne

Test pro registraci se nezměnil. Zákon o DPH vždy vyžadoval, aby žadatel prokázal, že v Estonsku podniká nebo se na zahájení podnikání chystá, umožňoval EMTA požadovat důkazy a vyškrtnout registrovanou osobu, která zde po písemném upozornění nepodniká (§ 20 a § 22).

Změnily se však dvě věci. Zaprvé nenápadná změna pravidla pro limit. Přeshraniční B2B služby — typicky celý obrat e-residenta — se dříve započítávaly do hranice €40,000, takže konzultant fakturující německým klientům byl povinen se po jejím překročení registrovat a číslo následovalo téměř automaticky. Nyní se započítávají pouze plnění s místem plnění v Estonsku: pro společnosti poskytující služby na dálku se každá žádost stala dobrovolnou a dobrovolná registrace vyžaduje důkaz podnikání zde. Zadruhé EMTA začala tento požadavek skutečné ekonomické podstaty uplatňovat na každou žádost a o několik měsíců později i na stávající rejstřík. Změna se dostala na veřejnost příspěvkem německého podnikatele Olivera Eidela „Zlikvidovalo Estonsko potichu svou e-Residency?“; vlastní znalostní báze programu nyní výslovně uvádí, že společnost bez estonských zaměstnanců, s členem statutárního orgánu v zahraničí, zahraničními klienty a službami poskytovanými mimo Estonsko „obvykle není schválena“.

Milník Co se stalo
Leden 2025 Vstupuje v účinnost změněný § 19 zákona o DPH: přeshraniční B2B služby se již nezapočítávají do limitu €40,000, takže společnosti poskytující služby na dálku ztrácejí povinnou cestu k registraci
Srpen 2025 e-Residency zveřejňuje průvodce dobrovolnou registrací k DPH se znaky podnikatelské činnosti v Estonsku; hlášena první zamítnutí společností řízených na dálku
Listopad 2025 Zakladatelé uvádějí, že EMTA prověřuje společnosti registrované před změnou a ruší jejich čísla plátce DPH
Březen 2026 Znalostní báze e-Residency aktualizována o výslovné příklady „nedostatečné vazby na Estonsko“
Září 2026 Daňoví právníci Sorainen kritizují v odborném tisku rozpor mezi marketingem programu a praxí daňového orgánu

Test hospodářské vazby, který EMTA uplatňuje

Otázkou není, zda je společnost vlastněna zahraniční osobou — většina zahraničně vlastněných estonských společností získá registraci k DPH bez obtíží — nýbrž kde se podnikání vykonává. Právo EU v oblasti DPH určuje podnik v zemi, kde uskutečňuje plnění, a považuje jej za usazený tam, kde sídlí jeho ústřední správa. U OÜ s jediným jednatelem je to zpravidla tam, kde jednatel žije.

Znaky hospodářské činnosti v Estonsku uvedené v pokynech programu e-Residency, vycházející z praxe EMTA, zároveň tvoří kontrolní seznam skutečné ekonomické podstaty:

Ukazatel Zeptejte se sami sebe
Estonští zákazníci Fakturujete někomu v Estonsku?
Estonští dodavatelé Nakupujete zboží nebo služby od estonských podniků nad rámec účetního a poskytovatele adresy?
Fyzická přítomnost Má společnost v Estonsku kancelář, sklad, pronajaté prostory nebo zaměstnance?
Řízení v Estonsku Jsou rozhodnutí statutárního orgánu skutečně přijímána zde — konají se zde schůze, podepisují smlouvy a řídí práce z Estonska?
Další estonské daně Platí společnost estonskou daň ze mzdy z odměny člena statutárního orgánu či mzdy nebo daň z příjmů z rozdělení zisku?

Jedno „ano“ podložené dokumenty může stačit; pět „ne“ téměř nikdy. Právní adresa a kontaktní osoba nemají žádnou váhu — jsou podmínkami pro setrvání v rejstříku, nikoli důkazem podnikání — stejně jako jednorázová faktura za coworking či estonský IBAN.

Tři typické společnosti e-residentů a jejich status DPH

Společnost Jak ji vnímá EMTA
Konzultant nebo vývojář žijící v jedné zemi EU, fakturující firemním klientům v jiných zemích EU, bez zaměstnanců či zákazníků v Estonsku Registrace k DPH zamítnuta. Služby se poskytují tam, kde je zákazník; společnost je usazena tam, kde zakladatel pracuje. Povinnosti k DPH, pokud vzniknou, vznikají tam — nikoli v Estonsku
Online prodejce, jehož zboží je nakupováno a skladováno v jiné zemi EU a odtud odesíláno, aniž by kdy vstoupilo do Estonska Registrace k DPH zamítnuta. Obrat je zdanitelný v zemi, odkud se zboží přepravuje, a případná registrace k DPH nebo OSS náleží tam
Společnost se zaměstnancem na estonské mzdové agendě, estonským skladem nebo zbožím nakupovaným a odesílaným z Estonska Registrace k DPH je odůvodněná — i když vlastník žije v zahraničí a většina zákazníků je jinde

První profil — digitální nomád s estonskou OÜ a bez estonské stopy — je ten, na který byl program e-Residency zaměřen marketingem, a který EMTA nyní standardně zamítá.

Podání žádosti o estonské číslo plátce DPH nyní

Očekávejte požadavek na popis obchodního modelu, smlouvy nebo vzorové faktury, důkazy o činnosti, například webové stránky nebo účty na platformách, bankovní výpisy a — část, kterou většina zakladatelů vynechá — vysvětlení, proč je podle pravidel EU správným místem registrace k DPH Estonsko, nikoli země, v níž žijete. Odpovězte vlastními slovy, uveďte relevantní ukazatele a přiložte dokumenty, které je dokládají. Samotný podnikatelský plán, dříve dostačující, nyní stačí jen zřídka.

EMTA rozhodne do pěti pracovních dnů od žádosti nebo, požádá-li o důkazy, do pěti pracovních dnů od jejich obdržení. Zamítnutá žádost není konec cesty: společnost, která od té doby uzavřela první estonskou smlouvu nebo místně zaměstnala pracovníka, může požádat znovu — s dokumenty, nikoli se záměry.

Pokud je vaše číslo plátce DPH přezkoumáváno

EMTA neruší číslo plátce DPH bez oznámení. Prostřednictvím e-MTA přijde oznámení o záměru vyřadit společnost z registru DPH a lhůta k prokázání podnikatelské činnosti v Estonsku. Odpovězte včas a doložte důkazy; jinak bude společnost vyřazena ode dne uvedeného v rozhodnutí.

Zrušení registrace má důsledky. Odpočtená DPH z neprodaných zásob a dlouhodobého majetku, který společnost stále vlastní, se upraví, což může znamenat daňový nedoplatek; faktury vystavené po datu vyřazení nesmějí obsahovat estonskou DPH; a zákazníci z EU, kteří ověří VIES, zjistí, že číslo je neplatné. Samotná společnost zůstává nedotčena — nadále je v estonském obchodním rejstříku (Äriregister), karta e-Residency funguje dál a model odložené daně z příjmů právnických osob se nemění. Pro společnost, která již ví, že podmínky nesplňuje, je obvykle výhodnější zrušit registraci podle vlastních podmínek než čekat na oznámení.

Pokud byla vaše registrace k DPH zamítnuta nebo zrušena

Nejprve ověřte, zda jste estonské číslo plátce DPH vůbec potřebovali. Služby firemním zákazníkům registrovaným k DPH v jiných zemích EU jsou v režimu reverse charge zdaněny v zemi zákazníka; na faktuře musí být uvedeno číslo plátce DPH zákazníka, nikoli vaše. Stripe a podobné zpracovatele plateb k otevření účtu VAT ID nevyžadují a platforma merchant-of-record za vás DPH vyřídí. Někteří klienti stále vyžadují číslo plátce DPH dodavatele, takže zamítnutí vás může stát smlouvu — nebrání vám však fakturovat. Náš průvodce ověřením čísla plátce DPH zákazníka ve VIES popisuje postup fakturace.

Za druhé zjistěte, kde vaše povinnost k DPH skutečně vzniká. Zakladatel, který řídí OÜ ze Španělska, z pohledu DPH EU provozuje podnik usazený ve Španělsku a bez ohledu na kód v rejstříku se na něj vztahují španělská pravidla. Nad nízkou celoevropskou hranicí jsou prodeje spotřebitelům v EU zdaněny v místě bydliště spotřebitele a vykazovány přes One Stop Shop — otevřený v zemi usazení, nikoli v Estonsku. Tržiště, která skladují vaše zboží v Německu, budou požadovat německé číslo. Obtížným případem je skutečný digitální nomád bez stálé základny: právo EU v oblasti DPH předpokládá, že každý podnik je někde usazen, a stanovisko EMTA je, že tímto „někde“ není Estonsko, pokud zde neprobíhá činnost. Tito zakladatelé se obvykle registrují tam, kde tráví většinu roku, nebo restrukturalizují podnik tak, aby měl skutečnou základnu — jde o otázku pro poradce před další fakturou, nikoli až poté.

Za třetí rozhodněte, zda se odvolat, nebo vybudovat skutečnou podstatu. Zamítnutí i rozhodnutí o zrušení registrace jsou správními akty a lze je napadnout do třiceti dnů, nejprve u EMTA a poté u správního soudu. Námitka uspěje pouze, pokud předloží důkazy, které v původní žádosti chyběly. Pokud se nic nezměnilo, je lepší peníze vynaložit na základní problém — estonského zákazníka, místního zaměstnance, rozhodnutí statutárního orgánu skutečně přijímaná zde — nebo přijmout, že OÜ je správná společnost, ale nevhodný nástroj pro DPH. Náš článek o řízení estonské společnosti ze zahraničí popisuje otázku stálé provozovny téhož problému.

Proč Estonsko zamítá společnosti e-residentů

Oficiálním důvodem je zneužití: číslo plátce DPH umožňuje společnosti uplatnit odpočet vstupní DPH ze všeho, co nakupuje, a je-li celý její obrat zdaněn jinde, Estonsko vrací DPH, kterou nikdy nevybralo. Stát však neoznámil žádnou politiku, nezapsal kritéria do zákona ani nezveřejnil údaje o tom, kolika společnostem e-residentů byla žádost zamítnuta nebo byly vyřazeny. Každé rozhodnutí je přijímáno případ od případu a daňoví právníci Sorainen popsali výsledek jako situaci, kdy jeden státní orgán otevírá e-residentům dveře, zatímco druhý je zavírá. Tento argument dále rozvádíme v našem sloupku o tom, co statistiky e-Residency skrývají.

Registrace k DPH pro e-residenty s Eesti Firma

Začínáme posouzením, nikoli žádostí. Jsou-li vaši zákazníci, dodavatelé i řízení mimo Estonsko, řekneme vám to — estonské VAT ID je nepravděpodobné — a vysvětlíme, kde vaše povinnosti k DPH skutečně vznikají. Existuje-li skutečná estonská vazba, sestavíme žádost na základě důkazů, které EMTA uznává, a vaším jménem odpovíme na doplňující dotazy orgánu; náš účetní tým také vyřizuje odpovědi na oznámení o zrušení registrace. Podrobnosti najdete na stránce číslo plátce DPH v Estonsku; zakladatelé, kteří ještě zvažují, zda je estonská společnost vhodná pro podnikání nezávislé na místě, mohou začít naším přehledem založení společnosti prostřednictvím e-Residency.

Často kladené otázky

Tuto příručku připravil tým Eesti Firma, včetně Účetní a daňová specialistka Natalia Danileiko, a slouží výhradně k informačním účelům. Žádná část jejího obsahu nepředstavuje právní, daňové ani investiční poradenství. Přestože jsme usilovali o přesnost informací v době zveřejnění, zákony a předpisy se mohou měnit. Potřebujete-li právní pomoc na míru, obraťte se přímo na Eesti Firma.